Pro Junior System ma promować i wspierać kluby w szkoleniu zawodników. Punkty przyznawane są za liczby minut wychowanków i młodzieżowców. Minuty mnożone są przez odpowiedni przelicznik. Drużyna która na koniec sezonu znajdzie się na pierwszym miejscu otrzyma 1,4 mln złotych; druga 1 mln złotych ; trzecia 600 tyś. złotych.
| 1. | Lech Poznań | 7236 |
| 2. | Śląsk Wrocław | 4458 |
| 3. | Zagłębie Lubin | 2030 |
| 4. | Lechia Gdańsk | 1324 |
| 5. | Wisła Kraków | 1276 |
| 6. | Pogoń Szczecin | 925 |
| 7. | Jagiellonia Białystok | 810 |
| 8. | Bruk-Bet Nieciecza | 725 |
| 9. | Cracovia Kraków | 644 |
| 10. | Piast Gliwice | 0 |
| 11. | Górnik Łęczna | 0 |
| 12. | Korona Kielce | 0 |
| 13. | Legia Warszawa | 0 |
| 14. | Arka Gdynia | 0 |
| 15. | Ruch Chorzów | 0 |
| 16. | Wisła Płock | 0 |